Migrationsverket, uppehållstillstånd, lång väntetid

Migrationsverket säger ju att den sökande ej skall vistas i Sverige under tiden att ens ansökan blivit behandlad. 

Nu kan ju denna fråga anses vara regelvidrig, men jag vet att många par har spenderat tid ihop på svensk mark under handläggningsperioden; man har helt enkelt ansett det vara inhumant med forcerad separation under ett års (eller mer) tid.

Vilka risker finns det? Hur (om alls) kan migrationsverket få nys om detta?
Det naturliga är väl att partnern äntrar Schengenområdet (EU) i t.ex. Norge eller Danmark (där man får vistas under handläggningsperioden) och därefter reser in i Sverige med bil, buss eller tåg. Inom Schengenområdet råder ju inga gränskontroller så partnerns inresande i Sverige registreras ju inte.
Är det något speciellt man skall tänka på?