Ja det du gjorde var ju att du tog död på hela biofiltret i akvariet i och med att du tog bort all sand. När man väljer att grovstäda ett helt akvarium och dessutom byta ut sanden helt så ska man behålla en del av den gamla sanden, lägga den i t ex avklippna nylonstrumpbyxor och ha i akvariet tills en ny bakteriekultur lyckats bildas som är stor nog att dra runt hela akvariet. Filtret har endast en del av biofiltret i sig, alldeles för mycket ligger i sanden.
Det gamla vattnet spelar inte så jättestor roll, det är ytterst lite baktierier som finns och lever i akvarievattnet men det rekommenderas ändå att man inte byter allt just för att det är för stressigt för fiskarna, bäst hade varit om du sparat 50% så att vattnet hade i storst sett samma värde som innan rengöringen (ammonia, nitrate och nitrite samt PH).
Förde du över fiskarna långsamt? Med helt nytt vatten och ny sand så är det faktiskt ett helt nytt akvarium och du måste följa samma klimatiserings procedur som när du köper dom nya för första gången, en långsam process i flera steg på en timme i alla fall?
Det kan nog ha varit en blandning av hög stress och vattenvärdena i din tank som hade ihjäl neon tetrorna. Tänk på att när du gör en sån stor rengöring av akvariet så blir det ocyklad igen och den processen måste börja om från början om du inte sparar en del av sanden som jag nämnde innan.